Spajanjem katoličkog i pravoslavnog karantina radi ušteda i lečenja svih obolelih na jednom mestu, bez obzira na nacionalnu i versku pripadnost, pod upravom Magistrata 25. februara 1784. godine u Zemunu je formirana prva bolnica na Balkanu. Prvobitno je bila smeštena u Bežanijskoj ulici, a zdanje je popravljeno i prošireno početkom 19. veka, dok je proces spajanja dva karantina trajao punih jedanaest godina.
Red sestara milosrdnica svetog Vinka Paulanskog upravljao je celu deceniju ovom bolnicom, počev od 1887. godine. U vreme njihove uprave dr Vojislav Subotić sa timom izabranih asistenata obavlja i prve operativne zahvate, pionirski uvodeći hirurgiju kao granu medicine koja se naglo razvija, u praksu u Zemunu. Već 1899.godine u ”knjigama narkoze” biće upisano 130 pacijenata podvrgnutih složenim operativnim zahvatima, nakon čega će dr Subotić otići na rad na Hirurško odeljenje Opšte državne bolnice i kasnije na Medicinski fakultet, te postati otac moderne srpske hirugije.
Uprava Zemunske bolnice je jedna od prvih koja je imala sterlizator, a samo godinu dana posle dodele Nobelove nagrade za otkriće iks zraka, nabavlja prvi rendgen aparat i najmoderniju opremu.
U periodu između dva svetska rata, 1928. godine bolnica je već imala interno, hirurško odeljenje sa porodilištem, kao i odeljenje za infektivne bolesti, 268 kreveta i godišnje hospitalizovala oko 3.500 pacijenata, zapošljavala šest lekara, 40 milosrdnih sestara i pomoćno osoblje.
U toku Drugog svetskog rata bolnica je potpala pod upravu Reda i promenila ime u ”Opća bolnica sestara milosrdnica s pravom javnosti u Zemunu”.
Posle jednogodišnjeg perioda u kojem je bila vojna, posle Oslobođenja postaće ponovo Javna opšta bolnica – Zemun, sa značajno povećanim brojem odeljenja i postelja. Tokom predstojećeg perioda menjaće ime od Gradske do Opšte i Kliničke bolnice, Kliničko bolničkog centra ”Zemun- Beograd”, do konačnog – KBC ”Zemun”.
U međuvremenu se bolnica proširila na prostran krug između Zemunskog parka, Vukove i Gundulićeve ulice; pored pedijatrije koju je daleke 1928. godine izgradila kraljica Marija, početkom 21. veka otvorena je i posebna zgrada Reumatologije, a značajno rekonstruisani, prošireni i novima namenama, u skladu sa modernizacijom usluga zdravstvene zaštite, prilagođeni postojeći i dozidani objekti. Danas KBC ”Zemun” poseduje 17 operativnih sala za sve vrste intervencija, a nekadašnje Odeljenje za ginekologiju i akušerstvo preraslo u bolnicu.
Poseban kuriozitet je dugo činio vrhunski opremljen Dijagnostičko-terapeutski centar, a hiperbaričnu komoru za suzbijanje i lečenje anaerobnih infekcija i posebno gasne gangrene koristile su sve republike nekadašnje Jugoslavije.
KBC Zemun je u Eurotransplant programu, a od jedinstvenih procedura koje nijedna druga ustanova u Srbiji ne primenjuje, posebnu pažnju zavređuje više od hiljadu endoskopskih operacija kičme.
Zdravstvenim centrom je za 237 godina postojanja upravljalo 30 direktora, a nastavna je baza za tri katedre Medicinskog fakulteta i Visoke strukovne škole.
